5. 快速开始

5.1. 生成 LAMMPS param.qeq 文件

在使用 ReaxFF 力场的 LAMMPS 模拟中，常需对原子电荷进行动态调整以保持体系电荷平衡。可以使用 fix qeq/reaxff 命令完成此操作，命令中所需的参数存放在名为 param.qeq 的文本文件中，该文件通常可从 ReaxFF 力场文件中提取。示例用法：

fix 1 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq

AutoRMA 提供将 ReaxFF 力场参数导出为 param.qeq 的功能，便于在 LAMMPS 中直接使用。

步骤：

在菜单栏选择 Tools -> Extract ParamQeq File，或点击工具栏中的相应按钮，打开 Extract ParamQeq File 面板。
选择力场文件（纯文本格式，例如 ffield.reax）并填写输出路径。
点击 Extract 完成提取。

备注

当前仅支持纯文本格式的力场文件，不支持 PDF/Word 等富文本格式。

在 LAMMPS 中可通过 read_data 命令读取包含原子或分子系统初始配置的 data 文件，简化建模流程。

read_data pe.data

AutoRMA 提供从 Material Studio (MS) 导出的 CAR/MDF 文件生成 LAMMPS data 文件的功能，支持定制化处理原子类型、备注信息等内容。

步骤：

在菜单栏选择 Tools -> Generate Data File，或点击工具栏按钮，打开 Generate Data File 面板。
选择 CAR/MDF 文件并填写输出路径，设置相关参数后点击 Generate。
点击 Generate 后会弹出原子信息确认面板（示例中存在 H、C2、C3 三类原子）。若需要合并原子类型（例如将 C2/C3 合并为 C），选中需要合并的项后点击 Merge，再点击 OK 确认。

生成的 data 文件示例如下（左侧为 AutoRMA 处理后的结果，右侧为 LAMMPS-msi2lmp 原始输出）。可通过勾选标签并点击 Update 添加内容；如需更改原子类型（例如 Full -> Charge/Atomic），修改后点击下方 Generate 重新生成。

LAMMPS 可通过 fix reaxff/species 导出 species（物种/分子）文件，相关信息见分子文件简介。AutoRMA 的核心功能之一是对 species 文件进行分析，所有版本均支持。

步骤：

在 Create Species-Based New Project 面板中填写以下信息：

参数	是否必填	说明
Species File	必填	LAMMPS 输出的 species 文件（*.out`），可由以下命令生成： fix 1 all reaxff/species 10 10 100 species.out
Project Path	必填	项目保存路径（`.rma` 文件）
Atomic Symbol	必填	参与模拟的元素符号，以空格分隔，例如 `C H`；顺序决定分子式书写顺序（`C H` 显示 C2H4，`H C` 则显示 H4C2）；可点击 Add 通过元素周期表面板选择
Cpu Cores	可选	并行分析使用的 CPU 核心数；默认为系统核心数减 1，以避免耗尽资源造成设备卡顿

键序文件（bonds.reaxc）由 LAMMPS 的 fix reaxff/bonds 命令输出，包含原子间化学键的详细信息。AutoRMA-Full 可基于键序文件创建 Bonds-Based 项目，追踪键的形成与断裂过程。

步骤：

在 Create Bonds-Based New Project 面板中填写以下信息：

参数	是否必填	说明
Bonds File	必填	LAMMPS 输出的键序文件（`*.reaxc`），可由以下命令生成： fix 1 all reaxff/bonds 100 bonds.reaxc
Trajectory File	可选	LAMMPS 输出的轨迹文件，用于三维可视化，可由以下命令生成： dump 1 all custom 100 dump.lammpstrj id xu yu zu
Project Path	必填	项目保存路径（`.rma` 文件）
Atomic Symbol	必填	参与模拟的元素符号，以空格分隔，例如 `C H`；顺序必须与 LAMMPS 输入脚本中的原子类型顺序一致；可点击 Add 通过元素周期表选择，点击 Details 可逐元素配置质量与键数限制
Cpu Cores	可选	并行分析使用的 CPU 核心数；默认为系统核心数减 1，以避免耗尽资源造成设备卡顿