5. 快速开始

5.1. 生成 LAMMPS param.qeq 文件

在使用 ReaxFF 力场的 LAMMPS 模拟中，常需对原子电荷进行动态调整以保持体系电荷平衡。可以使用 fix qeq/reaxff 命令完成此操作，param.qeq 文本文件包含了每种元素的电荷平衡参数，该文件通常可从 ReaxFF 力场文件中提取。示例用法：

fix 1 all qeq/reaxff 1 0.0 10.0 1.0e-6 param.qeq

AutoRMA 提供从 ReaxFF 力场文件中提取电荷平衡参数并生成 LAMMPS 所需的 param.qeq 文件的功能。

步骤：

备注

当前仅支持纯文本格式的力场文件，不支持 PDF/Word 等富文本格式文件。

在 LAMMPS 中可通过 read_data 命令读取包含原子或分子系统初始配置的 data 文件，简化建模流程。

read_data reaxff.data

AutoRMA 提供从 Material Studio (MS) 导出的 CAR/MDF 文件生成 LAMMPS data 文件的功能，支持定制化处理原子类型、备注信息等内容。

步骤：

在菜单栏选择 Tools -> Generate Data File/工具 -> 生成Data文件，或点击工具栏按钮后打开操作面板；
选择 CAR/MDF 文件并填写输出文件路径，设置相关参数后点击 Generate/生成；
点击 Generate/生成 后会弹出原子信息确认面板（示例中存在 H、C2、C3 三类原子）。此时可进行以下操作：
- 合并原子类型，如将 C2 和 C3 合并为 C，选中C2 C3原子后点击 Merge/合并，再点击确认即可
- 调整原子顺序和原子id，双击原子id单元格进入编辑模式，输入新的id后按回车确认
- 添加文本信息，如在对应的Symbol单元格中添加元素符号（例如 C、H）方便后续查看和分析

确认无误后点击 OK/确认 生成 data 文件，完成后的结果如下（左侧为 AutoRMA 处理后的结果，右侧为 LAMMPS-msi2lmp 原始输出）。可以看到 AutoRMA 生成的 data 文件已经按照 LAMMPS 的格式进行了重新组织，并且根据用户输入信息进行了调整，方便后续使用和分析。
- 在信息确认面板中，勾选要包含的字段后点击 Update/更新 可实时预览文件内容的变化，帮助用户确认最终输出格式
- 若需修改原子类型模式（例如将从 Full 切换为 Charge 或 Atomic），在下拉选择框中进行选择，确认后点击面板底部的 Generate/生成 重新生成新的文件内容

LAMMPS 可通过 fix reaxff/species 导出 species（物种/分子）文件，详细信息见分子文件简介。AutoRMA 的核心功能之一是对物种文件进行分析。

步骤：

在 Create Species-Based New Project/创建基于物种的新项目 面板中填写以下信息：

参数	是否必填	说明
Species File/物种文件	必填	LAMMPS ReaxFF 输出的 species(*.out) 文件
Project Path/项目路径	必填	项目文件路径，后缀为 `.rma` ，其同名文件夹将用于存储分析结果
Atomic Symbol/原子符号	必填	参与模拟的元素符号，以空格分隔，例如 `C H` ；顺序决定分子式书写顺序（如 `C H` 则显示 `C2H4` ， `H C` 则显示 `H4C2` ）；
CPU Cores/CPU核数	可选	并行分析使用的 CPU 核心数，默认为系统总核心数减1，减1以避免耗尽资源造成设备卡顿

LAMMPS 可通过 fix reaxff/bonds 导出 bonds（键序）文件，详细信息见键序文件简介。AutoRMA 的核心功能之一是对键序文件进行分析。

步骤： 操作面板与基于物种项目类似，以下不再展示实际操作界面。

在 Create Bonds-Based New Project/创建基于键序的新项目 面板中填写以下信息：

参数	是否必填	说明
Bonds File/键序文件	必填	LAMMPS ReaxFF 输出的 bonds(*.reaxc) 文件
Trajs File/轨迹文件	必填	LAMMPS ReaxFF 输出的 trajs(*.lammpstrj) 文件
Project Path/项目路径	必填	项目文件路径，后缀为 `.rma` ，其同名文件夹将用于存储分析结果
Atomic Symbol/原子符号	必填	参与模拟的元素符号，以空格分隔，例如 `C H` ；必须与 LAMMPS 输入脚本中的原子类型顺序一致，分子式书写格式与该顺序相同（如 `C H` 则显示 `C2H4` ， `H C` 则显示 `H4C2` ）；可点击 `Add/增加` 通过元素周期表面板选择；可点击 `Details/详情` 逐元素配置原子质量与键数限制等信息。
CPU Cores/CPU核数	可选	并行分析使用的 CPU 核心数，默认为系统总核心数减1，减1以避免耗尽资源造成设备卡顿