快速开始
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.. _quickstart-extract-param-qeq:

生成 LAMMPS param.qeq 文件
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在使用 ReaxFF 力场的 LAMMPS 模拟中，常需对原子电荷进行动态调整以保持体系电荷平衡。可以使用 `fix qeq/reaxff <https://docs.lammps.org/fix_qeq_reaxff.html>`_ 命令完成此操作，命令中所需的参数存放在名为 ``param.qeq`` 的文本文件中，该文件通常可从 ReaxFF 力场文件中提取。示例用法：

.. code-block:: bash

   fix 1 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq

AutoRMA 提供将 ReaxFF 力场参数导出为 ``param.qeq`` 的功能，便于在 LAMMPS 中直接使用。

**步骤：**

1. 在菜单栏选择 **Tools -> Extract ParamQeq File**，或点击工具栏中的相应按钮，打开 *Extract ParamQeq File* 面板。
2. 选择力场文件（纯文本格式，例如 ``ffield.reax``）并填写输出路径。
3. 点击 **Extract** 完成提取。

.. note::

   当前仅支持纯文本格式的力场文件，不支持 PDF/Word 等富文本格式。


.. _quickstart-generate-data-file:

生成 LAMMPS data 文件
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在 LAMMPS 中可通过 `read_data <https://docs.lammps.org/read_data.html>`_ 命令读取包含原子或分子系统初始配置的 data 文件，简化建模流程。

.. code-block:: bash

   read_data pe.data

AutoRMA 提供从 Material Studio (MS) 导出的 CAR/MDF 文件生成 LAMMPS data 文件的功能，支持定制化处理原子类型、备注信息等内容。

**步骤：**

1. 在菜单栏选择 **Tools -> Generate Data File**，或点击工具栏按钮，打开 *Generate Data File* 面板。
2. 选择 CAR/MDF 文件并填写输出路径，设置相关参数后点击 **Generate**。

   .. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-1.png
      :target: ../_static/quick_start/generate_data_file-1.png
      :alt: 生成Data文件-1
      :align: center
      :width: 80%

3. 点击 **Generate** 后会弹出原子信息确认面板（示例中存在 H、C2、C3 三类原子）。若需要合并原子类型（例如将 C2/C3 合并为 C），选中需要合并的项后点击 **Merge**，再点击 **OK** 确认。

.. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-2.png
   :target: ../_static/quick_start/generate_data_file-2.png
   :alt: 生成Data文件-2
   :align: center
   :width: 80%

.. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-3.png
   :target: ../_static/quick_start/generate_data_file-3.png
   :alt: 生成Data文件-3
   :align: center
   :width: 80%


4. 生成的 data 文件示例如下（左侧为 AutoRMA 处理后的结果，右侧为 LAMMPS-msi2lmp 原始输出）。可通过勾选标签并点击 **Update** 添加内容；如需更改原子类型（例如 Full -> Charge/Atomic），修改后点击下方 **Generate** 重新生成。

.. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-4.png
   :target: ../_static/quick_start/generate_data_file-4.png
   :alt: 生成Data文件-4
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.2.4: Data 文件结果展示


.. _quickstart-create-species-project:

创建 Species-Based 项目
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LAMMPS 可通过 ``fix reaxff/species`` 导出 species（物种/分子）文件，相关信息见 :ref:`分子文件简介 <species_file_introduction>`。AutoRMA 的核心功能之一是对 species 文件进行分析，所有版本均支持。

**步骤：**

1. 在菜单栏选择 **File -> New**，弹出文件对话框，选择或新建一个 ``.rma`` 项目文件路径并确认。
2. 在弹出的 *Choose Project Type* 对话框中选择 **Species-Based**，点击 **OK**。

.. figure:: ../_static/quick_start/analyze_species-2.png
   :target: ../_static/quick_start/analyze_species-2.png
   :alt: 选择项目类型
   :align: center
   :width: 80%

3. 在 *Create Species-Based New Project* 面板中填写以下信息：

   .. list-table::
      :widths: 20 10 70
      :header-rows: 1

      * - 参数
        - 是否必填
        - 说明
      * - **Species File**
        - 必填
        - LAMMPS 输出的 species 文件（``*.out```），可由以下命令生成：

          .. code-block:: text

             fix 1 all reaxff/species 10 10 100 species.out

      * - **Project Path**
        - 必填
        - 项目保存路径（``.rma`` 文件）
      * - **Atomic Symbol**
        - 必填
        - 参与模拟的元素符号，以空格分隔，例如 ``C H``；顺序决定分子式书写顺序（``C H`` 显示 C2H4，``H C`` 则显示 H4C2）；可点击 **Add** 通过元素周期表面板选择
      * - **Cpu Cores**
        - 可选
        - 并行分析使用的 CPU 核心数；默认为系统核心数减 1，以避免耗尽资源造成设备卡顿

.. figure:: ../_static/quick_start/analyze_species-3.png
   :target: ../_static/quick_start/analyze_species-3.png
   :alt: 项目配置
   :align: center
   :width: 80%


4. 点击 **OK** 开始分析，完成后在左侧目录树中浏览分析结果。

.. figure:: ../_static/quick_start/analyze_species-4.png
   :target: ../_static/quick_start/analyze_species-4.png
   :alt: 分析结果
   :align: center
   :width: 80%


.. _quickstart-create-bonds-project:

创建 Bonds-Based 项目 |full_only|
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键序文件（bonds.reaxc）由 LAMMPS 的 ``fix reaxff/bonds`` 命令输出，包含原子间化学键的详细信息。AutoRMA-Full 可基于键序文件创建 Bonds-Based 项目，追踪键的形成与断裂过程。

**步骤：**

1. 在菜单栏选择 **File -> New**，弹出文件对话框，选择 ``.rma`` 项目路径并确认。
2. 在 *Choose Project Type* 对话框中选择 **Bonds-Based**，点击 **OK**。
3. 在 *Create Bonds-Based New Project* 面板中填写以下信息：

   .. list-table::
      :widths: 20 10 70
      :header-rows: 1

      * - 参数
        - 是否必填
        - 说明
      * - **Bonds File**
        - 必填
        - LAMMPS 输出的键序文件（``*.reaxc``），可由以下命令生成：

          .. code-block:: text

             fix 1 all reaxff/bonds 100 bonds.reaxc

      * - **Trajectory File**
        - 可选
        - LAMMPS 输出的轨迹文件，用于三维可视化，可由以下命令生成：

          .. code-block:: text

             dump 1 all custom 100 dump.lammpstrj id xu yu zu

      * - **Project Path**
        - 必填
        - 项目保存路径（``.rma`` 文件）
      * - **Atomic Symbol**
        - 必填
        - 参与模拟的元素符号，以空格分隔，例如 ``C H``；顺序必须与 LAMMPS 输入脚本中的原子类型顺序一致；可点击 **Add** 通过元素周期表选择，点击 **Details** 可逐元素配置质量与键数限制
      * - **Cpu Cores**
        - 可选
        - 并行分析使用的 CPU 核心数；默认为系统核心数减 1，以避免耗尽资源造成设备卡顿

4. 点击 **OK** 开始分析，完成后在左侧目录树中浏览分析结果。


打开已有项目
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1. 在菜单栏选择 **File -> Open**，或点击文件工具栏中的 **Open** 按钮。
2. 在弹出的文件对话框中选择以 ``.rma`` 结尾的项目文件，点击 **Open**。
3. 项目加载完成后，左侧目录树将自动展示上次保存的所有分析结果。

.. figure:: ../_static/quick_start/open_project-1.png
   :target: ../_static/quick_start/open_project-1.png
   :alt: 打开项目
   :align: center
   :width: 80%

.. figure:: ../_static/quick_start/open_project-2.png
   :target: ../_static/quick_start/open_project-2.png
   :alt: 打开项目结果
   :align: center
   :width: 80%


.. |full_only| replace:: *(仅 AutoRMA-Full)*