2. 使用背景

2.1. ReaxFF 模拟产物简介

基于 LAMMPS 的 ReaxFF（分子动力学）模拟通常需要力场文件、系统原子的力场参数文件（以下简称“参数文件”）以及原子坐标文件（以下简称“坐标文件”）等输入。ReaxFF 模拟会生成三类主要输出：包含原子键级信息的键序文件、记录原子坐标的轨迹文件，以及包含分子信息的分子（species）文件。本文档中的示例基于 PE 热解的模拟数据，仅展示部分截取内容；AutoRMA 并不限于 PE 热解，可用于各种 ReaxFF 模拟结果的分析与输入文件生成。

2.2. 分析文件简介

AutoRMA 支持三种类型的分析文件，不同版本对文件类型的支持有所区别：

物种文件（species.out）- AutoRMA-Lite 和 AutoRMA-Full 均支持

物种文件记录了模拟过程中各时间步的物种（分子）信息。在 LAMMPS 中可以通过以下命令导出分子文件，详见 fix reaxff/species。

# Syntax
fix ID group-ID reaxff/species Nevery Nrepeat Nfreq filename keyword value ...
# Example:
fix 1 all reaxff/species 10 10 100 species.out

其格式示例如下：

分子文件

键序文件（bonds.reaxc）- 仅 AutoRMA-Full 支持

键序文件记录了原子间化学键的键序（bond order）信息，用于追踪化学键的形成与断裂过程。键序文件可通过以下命令导出，详见 fix reaxff/bonds。

# Syntax
fix ID group-ID reaxff/bonds Nevery filename
# Example:
fix 1 all reaxff/bonds 100 bonds.reaxc

其格式示例如下：

键序文件

轨迹文件（dump.lammpstrj）- 仅 AutoRMA-Full 支持

轨迹文件包含原子在每个时间步的坐标信息，用于3D可视化和区域追踪分析。轨迹文件可通过 dump 命令导出，详情见 dump。

# Syntax
dump ID group-ID style N file attribute1 attribute2 ...
# Example:
dump 1 all custom 100 dump.lammpstrj id xu yu zu

其格式示例如下：

轨迹文件

备注

  • AutoRMA-Lite 只支持物种文件（species.out）分析

  • AutoRMA-Full 支持所有三种文件类型的分析

  • 轨迹文件（dump.lammpstrj）需要配合键序文件（bonds.reaxc）一起使用，主要用于三维可视化