使用背景
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ReaxFF 模拟产物简介
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基于 LAMMPS 的 ReaxFF（分子动力学）模拟通常需要力场文件、系统原子的力场参数文件（以下简称“参数文件”）以及原子坐标文件（以下简称“坐标文件”）等输入。ReaxFF 模拟会生成三类主要输出：包含原子键级信息的键序文件、记录原子坐标的轨迹文件，以及包含分子信息的分子（species）文件。本文档中的示例基于 PE 热解的模拟数据，仅展示部分截取内容；AutoRMA 并不限于 PE 热解，可用于各种 ReaxFF 模拟结果的分析与输入文件生成。


分析文件简介
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AutoRMA 支持三种类型的分析文件，不同版本对文件类型的支持有所区别：

.. _species_file_introduction:

**物种文件（species.out）- AutoRMA-Lite 和 AutoRMA-Full 均支持**

物种文件记录了模拟过程中各时间步的物种（分子）信息。在 LAMMPS 中可以通过以下命令导出分子文件，详见 `fix reaxff/species <https://docs.lammps.org/fix_reaxff_species.html>`_。

.. code-block:: bash

      # Syntax
      fix ID group-ID reaxff/species Nevery Nrepeat Nfreq filename keyword value ...
      # Example:
      fix 1 all reaxff/species 10 10 100 species.out

其格式示例如下：

.. figure:: ../_static/background/species.png
   :target: ../_static/background/species.png
   :alt: 分子文件
   :align: center
   :width: 80%


.. _bonds_file_introduction:

**键序文件（bonds.reaxc）- 仅 AutoRMA-Full 支持**

键序文件记录了原子间化学键的键序（bond order）信息，用于追踪化学键的形成与断裂过程。键序文件可通过以下命令导出，详见 `fix reaxff/bonds <https://docs.lammps.org/fix_reaxff_bonds.html>`_。

.. code-block:: bash

      # Syntax
      fix ID group-ID reaxff/bonds Nevery filename
      # Example:
      fix 1 all reaxff/bonds 100 bonds.reaxc

其格式示例如下：

.. figure:: ../_static/background/bonds.png
   :target: ../_static/background/bonds.png
   :alt: 键序文件
   :align: center
   :width: 80%


.. _trajs_file_introduction:

**轨迹文件（dump.lammpstrj）- 仅 AutoRMA-Full 支持**

轨迹文件包含原子在每个时间步的坐标信息，用于3D可视化和区域追踪分析。轨迹文件可通过 `dump` 命令导出，详情见 `dump <https://docs.lammps.org/dump.html#dump-custom-adios-command>`_。

.. code-block:: bash

      # Syntax
      dump ID group-ID style N file attribute1 attribute2 ...
      # Example:
      dump 1 all custom 100 dump.lammpstrj id xu yu zu

其格式示例如下：

.. figure:: ../_static/background/trajectory.png
   :target: ../_static/background/trajectory.png
   :alt: 轨迹文件
   :align: center
   :width: 80%

.. note::
   * AutoRMA-Lite 只支持物种文件（species.out）分析
   * AutoRMA-Full 支持所有三种文件类型的分析
   * 轨迹文件（dump.lammpstrj）需要配合键序文件（bonds.reaxc）一起使用，主要用于三维可视化