5. 快速开始

5.1. 生成param.qeq文件

在Lammps进行ReaxFF模拟过程中, 需要对原子电荷进行动态调整, 以保持系统的电荷平衡。此过程可以采用以下命令通过QEQ方法来确保电荷守恒, 可访问 fix 以了解更多信息。

fix 1 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq

该命令中param.qeq为包含QEQ计算所需参数的文本文件, 可以从力场文件中提取, AutoRMA提供了该功能。以下简单操作演示以供快速上手。

  1. 点击菜单栏 Tools->Extract ParamQeq File菜单 或工具栏 Extract ParamQeq File按钮 打开操作面板, 填写(选择)力场文件和生成文件路径后点击 Extract 按钮。请务必注意, 此处力场文件的类型目前只支持纯文本格式, 如PDF、Word等富文本均不支持。

提取ParamQEQ-1

图 4.1.1: 提取ParamQEQ信息填写

  1. 生成的ParamQEQ参数如下所示, 需要注意的是, 在提供给Lammps使用时, 只保留所需的元素行并删除以#开始的注释内容。

提取ParamQEQ-2

图 4.1.2: ParamQEQ内容结果展示

5.2. 生成data文件

在Lammps进行ReaxFF模拟时, 可通过read_data命令读取包含原子或分子系统初始配置的文件, 从而简化纷繁复杂的建模过程。可访问 read_data 以了解更多信息。

read_data pe.data

该命令中pe.data为符合一定规则的原子配置文件。可选的一种方式是:

  1. 使用 Material Studio (以下简称MS)进行建模, 导出car/mdf文件, 可参考 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2 ;

  2. 利用Lammps包提供的msi2lmp工具进行转换。

为方便操作以及可定制化data文件数据内容, AutoRMA也提供了将MS导出的car/mdf文件转化为data文件的功能。以下简单操作演示以供快速上手。

  1. 点击菜单栏 Tools->Generate Data File菜单 或工具栏 Generate ParamQeq File按钮 打开操作面板, 填写(选择)car/mdf文件和生成文件路径, 设置相关参数后点击 Generate 按钮。

生成Data文件-1

图 4.2.1: 生成Data文件信息填写

  1. 点击Generate之后会弹出原子信息确认面板, 如下图所示, 在此例中, 存在三种原子H,C2,C3三种原子, 但在PE热解中, 可将C2/C3同归为C, 用同一个原子类型标识，可简化模拟结果分析。如: 若区分为C2和C3则会出现CCH4的物种; 若将其归类, 则该物种表现为C2H4。当然，是否需要归类处理，需要视具体情况而定。 若需要进行归类处理, 则如图选中归类的原子后点击Merge按钮即可。确认原子信息后点击OK按钮。

生成Data文件-2

图 4.2.2: 原子类型处理

生成Data文件-3

图 4.2.3: 备注信息处理

  1. 生成的Data文件结果如下图所示, 右侧为msi2lmp生成的原始结果, 左侧为本软件处理后的结果。左侧默认只包含部分数据, 若要添加内容, 在选中相关内容标签后点击Update按钮即可。需要注意的是, 若要改变原子类型, 如图中Full改成Charge或Atomic, 需要修改后点击下方Generate按钮重新生成。

生成Data文件-4

图 4.2.4: DataFile内容结果展示

5.3. 分析species文件

Lammps可直接导出ReaxFF模拟产生的物种(Species)文件。相关信息可参考 分析文件简介。

AutoRMA-Lite的主要功能是提供物种文件的分析功能。以下简单操作演示以供快速上手。

  1. 打开AutoRMA软件后选择*Create a new Project*, 点击*OK*按钮后选择已有项目路径。当然也可以通过菜单栏(File->New)或工具栏(New)按钮开始新建项目。

分析Species文件-1

图 4.3.1: 开始新建项目

  1. 选择新建项目类型, 需要注意的是 AutoRMA只能选择 *Species-Based, Bonds-Based 只在AutoRMA-Full版本提供*。

分析Species文件-2

图 4.3.2: 选择新建项目类型

  1. 填写分子文件、项目路径和原子符号等信息。其中原子符号决定了输出分子式的格式, 比如填写 C H, 则分子 C2H4 显示为 C2H4 ; 若填写 H C, 则分子 C2H4 显示为 H4C2。可选设置默认即可, 具体介绍见后续章节详解。

分析Species文件-3

图 4.3.3: 设置项目信息

  1. 分析完成, 可以尽情享用啦。

分析Species文件-4

图 4.3.4: 分析完成

5.4. 打开已有项目

  1. 在打开AutoRMA软件后选中 Open An Existed Project, 然后可以双击下方 Recent Projects 所列条目选择已有项目，或点击 Browse 以通过文件对话框选择 新建项目产生的以.rma结尾的文件 后点击*OK*以打开项目。当然也可以通过菜单栏(File->Open)或工具栏(Open)按钮打开已有项目。

打开项目-1

图 5.3.1: 打开项目

  1. 打开完成, 可以尽情享用啦。

打开项目-2

图 5.3.2: 打开完成