快速开始
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生成param.qeq文件
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在Lammps进行ReaxFF模拟过程中, 需要对原子电荷进行动态调整, 以保持系统的电荷平衡。此过程可以采用以下命令通过QEQ方法来确保电荷守恒, 可访问 `fix <https://docs.lammps.org/fix_qeq_reaxff.html>`_ 以了解更多信息。

.. code-block:: bash

    fix 1 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq

该命令中param.qeq为包含QEQ计算所需参数的文本文件, 可以从力场文件中提取, AutoRMA提供了该功能。以下简单操作演示以供快速上手。

1. 点击菜单栏 *Tools->Extract ParamQeq File菜单* 或工具栏 *Extract ParamQeq File按钮* 打开操作面板, 填写(选择)力场文件和生成文件路径后点击 *Extract* 按钮。*请务必注意, 此处力场文件的类型目前只支持纯文本格式, 如PDF、Word等富文本均不支持。*


.. figure:: ../_static/quick_start/extract_param_qeq-1.png
   :alt: 提取ParamQEQ-1
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.1.1: 提取ParamQEQ信息填写

2. 生成的ParamQEQ参数如下所示, 需要注意的是, *在提供给Lammps使用时, 只保留所需的元素行并删除以#开始的注释内容。*

.. figure:: ../_static/quick_start/extract_param_qeq-2.png
   :alt: 提取ParamQEQ-2
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.1.2: ParamQEQ内容结果展示


生成data文件
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在Lammps进行ReaxFF模拟时, 可通过read_data命令读取包含原子或分子系统初始配置的文件, 从而简化纷繁复杂的建模过程。可访问 `read_data <https://docs.lammps.org/read_data.html>`_ 以了解更多信息。

.. code-block:: bash

    read_data pe.data

该命令中pe.data为符合一定规则的原子配置文件。可选的一种方式是:

  1. 使用 `Material Studio <https://www.3ds.com/products/biovia/materials-studio>`_ (以下简称MS)进行建模, 导出car/mdf文件, 可参考 `利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2 <https://mp.weixin.qq.com/s/jGaA4DlT52LYmZf41DRIkA>`_ ;
  2. 利用Lammps包提供的msi2lmp工具进行转换。

为方便操作以及可定制化data文件数据内容, AutoRMA也提供了将MS导出的car/mdf文件转化为data文件的功能。以下简单操作演示以供快速上手。

1. 点击菜单栏 *Tools->Generate Data File菜单* 或工具栏 *Generate ParamQeq File按钮* 打开操作面板, 填写(选择)car/mdf文件和生成文件路径, 设置相关参数后点击 *Generate* 按钮。

.. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-1.png
   :alt: 生成Data文件-1
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.2.1: 生成Data文件信息填写

2. 点击Generate之后会弹出原子信息确认面板, 如下图所示, 在此例中, 存在三种原子H,C2,C3三种原子, 但在PE热解中, 可将C2/C3同归为C, 用同一个原子类型标识，可简化模拟结果分析。如: 若区分为C2和C3则会出现CCH4的物种; 若将其归类, 则该物种表现为C2H4。*当然，是否需要归类处理，需要视具体情况而定。* 若需要进行归类处理, 则如图选中归类的原子后点击Merge按钮即可。确认原子信息后点击OK按钮。

.. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-2.png
   :alt: 生成Data文件-2
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.2.2: 原子类型处理


.. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-3.png
   :alt: 生成Data文件-3
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.2.3: 备注信息处理


3. 生成的Data文件结果如下图所示, 右侧为msi2lmp生成的原始结果, 左侧为本软件处理后的结果。左侧默认只包含部分数据, 若要添加内容, 在选中相关内容标签后点击Update按钮即可。需要注意的是, 若要改变原子类型, 如图中Full改成Charge或Atomic, 需要修改后点击下方Generate按钮重新生成。

.. figure:: ../_static/quick_start/generate_data_file-4.png
   :alt: 生成Data文件-4
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.2.4: DataFile内容结果展示


分析species文件
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Lammps可直接导出ReaxFF模拟产生的物种(Species)文件。相关信息可参考 :ref:`分析文件简介 <species_file_introduction>`。

AutoRMA-Lite的主要功能是提供物种文件的分析功能。以下简单操作演示以供快速上手。

1. 打开AutoRMA软件后选择*Create a new Project*, 点击*O\K*按钮后选择已有项目路径。当然也可以通过菜单栏(*File->New*)或工具栏(*New*)按钮开始新建项目。

.. figure:: ../_static/quick_start/analyze_species-1.png
   :alt: 分析Species文件-1
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.3.1: 开始新建项目


2. 选择新建项目类型, 需要注意的是 *AutoRMA只能选择 *Species-Based*, *Bonds-Based* 只在AutoRMA-Full版本提供*。

.. figure:: ../_static/quick_start/analyze_species-2.png
   :alt: 分析Species文件-2
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.3.2: 选择新建项目类型


3. 填写分子文件、项目路径和原子符号等信息。其中原子符号决定了输出分子式的格式, 比如填写 *C H*, 则分子 *C2H4* 显示为 *C2H4* ; 若填写 *H C*, 则分子 *C2H4* 显示为 *H4C2*。可选设置默认即可, 具体介绍见后续章节详解。

.. figure:: ../_static/quick_start/analyze_species-3.png
   :alt: 分析Species文件-3
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.3.3: 设置项目信息


4. 分析完成, 可以尽情享用啦。

.. figure:: ../_static/quick_start/analyze_species-4.png
   :alt: 分析Species文件-4
   :align: center
   :width: 80%

   图 4.3.4: 分析完成


打开已有项目
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1. 在打开AutoRMA软件后选中 *Open An Existed Project*, 然后可以双击下方 *Recent Projects* 所列条目选择已有项目，或点击 *Browse* 以通过文件对话框选择 *新建项目产生的以.rma结尾的文件* 后点击*O\K*以打开项目。当然也可以通过菜单栏(*File->Open*)或工具栏(*Open*)按钮打开已有项目。


.. figure:: ../_static/quick_start/open_project-1.png
   :alt: 打开项目-1
   :align: center
   :width: 80%

   图 5.3.1: 打开项目

2. 打开完成, 可以尽情享用啦。

.. figure:: ../_static/quick_start/open_project-2.png
   :alt: 打开项目-2
   :align: center
   :width: 80%

   图 5.3.2: 打开完成