2. 使用背景

2.1. ReaxFF模拟产物简介

基于Lammps的ReaxFF(分子动力学)模拟的输入需要文件通常包括力场文件及系统所含原子的力场参数文件(以下简称参数文件)和原子坐标文件(以下简称坐标文件)等相关文件。ReaxFF模拟可以生成包含所有原子键级的键序文件, 每个原子坐标的轨迹文件和包含分子信息的分子文件, 此三个文件是获取模拟结果的主要文件。本文档以下均采用PE热解的ReaxFF模拟数据, 且为显示清晰, 文件只截取部分作为展示内容, 但AutoRMA不局限于PE热解的动力学模拟结果分析, 其可应用于所有的ReaxFF模拟结果分析和输入数据的生成。

2.2. 分析文件简介

AutoRMA-Lite基于分子文件进行分析, 在Lammps中可以通过以下命令导出。可访问 fix reaxff/species 以了解更多信息。

# Syntax
fix ID group-ID reaxff/species Nevery Nrepeat Nfreq filename keyword value ...
# Examples:
fix 1 all reax/c/species 1 1 100 species.out

其格式如下:

AutoRMA基于键序文件和轨迹文件, 轨迹文件可选, 如果需要三维可视化功能, 则必须提供。

键序文件在Lammps中可以通过以下命令导出。可访问 fix reaxff/bonds 以了解更多信息。

# Syntax
fix ID group-ID reaxff/bonds Nevery filename
# Examples:
fix 1 all reax/c/bonds 100 bonds.reaxc

其格式如下:

轨迹文件在Lammps中可以通过以下命令导出。可访问 fix dump/lammpstrj 以了解更多信息。

# Syntax
dump ID group-ID style N file attribute1 attribute2 ...
# Examples:
dump 1 all custom 100 pe.lammpstrj id xu yu zu

其格式如下: