1. 简介
1.1. 开发背景
反应分子动力学(ReaxFF MD)是一种从分子尺度对具有化学反应的复杂系统进行机理研究的一种有效方法, 其允许在分子系统中基于势函数描述化学键的形成、过渡和离解。在反应分子动力学上取得的进展为研究原子尺度上非常复杂的化学反应过程中的反应机制提供了一种很有前途的方法。然而, 在分析具有复杂化学反应的大分子系统模拟结果时出现了挑战, 反应分子动力学模拟可以获得基于时间步的原子坐标、键序信息以及分子式等信息。反应分子动力学可应用于大规模(大于10000个原子)的系统, 面对这种(超)大规模的模拟系统时, 人工分析机理耗费大量的时间和精力并且不现实。因此AutoRMA应用而生, 旨在为研究人员提供一种十分便捷和易用、甚至可定制的反应分子动力学模拟结果的分析与可视化的可选方式。
1.2. 软件介绍
AutoRMA(Automatic Reaction Mechanism Analyzer)全称为全自动ReaxFF反应机理分析软件。
AutoRMA主要分为AutoRMA-Full(简称AutoRMA)和AutoRMA-Lite版本, 其中AutoRMA-Full具有Lammps-ReaxFF物种(分子)文件分析及键序和轨迹分析能力, 而AutoRMA-Lite是AutoRMA-Full的子集, 主要服务于物种(分子)文件的分析。以下统称为AutoRMA, 非必要不做特别区分。
1.3. 历史版本
版本号 |
发布日期 |
支持平台 |
更新信息 |
|---|---|---|---|
2.0.0 |
2025.03.27 |
Windows |
发布 |
2.0.1 |
2025.04.10 |
Windows |
支持物种文件为合并原子分析 |
2.0.2 |
2025.04.13 |
Windows |
修复通过元素周期表添加原子卡死问题 |
2.0.3 |
2025.04.15 |
Windows |
修复导出可读结果文件问题 |
版本号 |
发布日期 |
支持平台 |
更新信息 |
|---|---|---|---|
2.0.0 |
待发布 |
Windows |
待发布 |