案例实践
------------------------

AutoRMA 安装目录下内置了 `examples` 文件夹，其中包含典型应用场景的测试数据。本章旨在介绍这些案例数据的物理意义及适用场景。具体的操作步骤与配置项填写说明，请参阅相关功能章节，此处不再赘述。


数据目录结构
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

若您使用的是 AutoRMA 的发行版本，示例数据通常位于安装目录下：

* `<安装目录>/examples/` （例如： `C:/Program Files/Autorma/examples/`）

下文列举的路径均以 `examples` 文件夹为基准。


案例一：提取力场参数（param.qeq）
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

由于原子的电荷分布会随着化学键的断裂与生成发生变化，使用 ReaxFF 力场的 LAMMPS 模拟通常需要引入动态电荷平衡方案。该功能常通过提取力场文件中的参数构建出 `param.qeq` 进而实现。

**数据位置：** `examples/forcefiled/ffield.reax.CHO`

**场景说明：**
该文件为典型的碳氢氧（C/H/O）体系 ReaxFF 力场文件。通过本案例可以演练如何从原始力场文件中自动提取所需参数供 LAMMPS 读取。

**操作参考：** :ref:`快速开始 — 生成 param.qeq 文件 <quickstart-extract-param-qeq>`


案例二：初始结构建模与转换
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

在使用 LAMMPS 开展大规模分子动力学计算前，研究人员需要配置系统的拓扑结构，构建初始几何模型（即 `.data` 文件）。

**数据位置：**
* `examples/gendata/CH.car`
* `examples/gendata/CH.mdf`

**场景说明：**
这是由 Material Studio 导出的碳氢体系初始模型数据。借助这两个文件可演练如何对冗余的原子类型（如将复杂的 C2、C3 类型简化为 C）进行批量合并，最终一键导出符合 LAMMPS 读取格式要求的 data 文件。

**操作参考：** :ref:`快速开始 — 生成 LAMMPS data 文件 <quickstart-generate-data-file>`


案例三：Species-Based 分析（物种分布分析）
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

在燃烧或热解一类反应中，宏观性质主要取决于反应体系中的大分子产物组成及生成量，此时侧重进行组分分布验证是必要的。

**数据位置：** `examples/project/CH/species.out`

**场景说明：**
本数据是物种（分子）数量的产出文件。借助本案例，可以观察特定种类的物种片段在全局时间步内的浓度和质量响应走势（对应到 TG/DTG 分析）。

**操作参考：** :ref:`快速开始 — 创建 Species-Based 项目 <quickstart-create-species-project>`


案例四：Bonds-Based 分析（反应路径追踪）
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

针对复杂的反应体系时，只分析单一的片段统计会遗漏微观裂解逻辑的细节，使用 Bonds-Based 对局部化学键进行时序追踪可建立完整的反应网络。

**数据位置：**
* `examples/project/CH/bonds.reaxc`
* `examples/project/CH/dump.lammpstrj`

**场景说明：**
基于碳氢体系的化学键序导出文件及三维轨迹文件，进行分子拓扑断裂识别。通过本案例可获取详细的化学键图谱转换、反应频率统计、官能团组成等信息，并在可视化视图中配合原子的运动轨迹回放反应全过程。

**操作参考：** :ref:`快速开始 — 创建 Bonds-Based 项目 <quickstart-create-bonds-project>`