功能详解 ------------------------ 本章节介绍 AutoRMA 图形界面中直接操作的全部高级功能，内容均以最新发布为准。 项目创建高级配置 >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 高级参数（Optional Settings） """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" Species-Based 与 Bonds-Based 两类项目共享一套高级配置入口，在创建面板中勾选 **Optional Settings** 展开。 .. list-table:: :widths: 30 70 :header-rows: 1 * - 参数 - 说明 * - **Timesteps/时间步** （Start / End / Interval） - 限定分析时间步范围与采样间隔；Start/End 从文件中读取后自动填充，可手动修改 * - **Temperature(K)/温度（K）** （Initial / Terminal） - 设置模拟初始与终止温度（默认为等间隔的温度），用于热重等温度相关分析 * - **PhaseCarbonAtomNumber/相态碳原子数** （LiquidStart / SolidStart） - 设置相态划分中气/液/固相的碳原子数阈值 自动识别同目录文件 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 选定项目路径或主输入文件后，若其他路径并未设置且同目录存在以下标准文件名，面板会自动补全对应路径： * Species 项目：``species.out`` * Bonds 项目：``bonds.reaxc``、``dump.lammpstrj`` 输入文件格式要求 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" **Species/分子 文件** 由 LAMMPS ``fix reaxff/species`` 命令生成，包含每个输出时间步各分子的数量统计。在 LAMMPS 脚本中启用示例： .. code-block:: fix 1 all reaxff/species 10 10 100 species.out **Bonds/键序 文件** 由 LAMMPS ``fix reaxff/bonds`` 命令生成，记录每个输出时间步每个原子的近邻键序信息。文件体积通常较大（可达 GB 级），创建项目前请确保磁盘空间充足。示例： .. code-block:: fix 1 all reaxff/bonds 100 bonds.reaxc **Trajectory/轨迹 文件** 由 LAMMPS ``dump custom`` 命令生成，至少需包含 ``id type x y z`` 列。仅当 Bonds 项目需要三维可视化才必须提供。示例： .. code-block:: dump 1 all custom 100 dump.lammpstrj id xu yu zu 原子详情配置（仅 Bonds-Based） >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 在创建 Bonds-Based 项目时，输入 ``Atomic Symbol`` 并点击 **Details** 按钮可打开 *Setup Atoms Details* 面板，进行逐原子精细配置。 面板列说明 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" .. list-table:: :widths: 25 75 :header-rows: 1 * - 列 - 说明 * - **Type/原子类型** - 类型编号，需要与 LAMMPS 类型一致且必须唯一；可直接编辑 * - **Symbol/元素符号** - 原子符号，用于标识原子种类，需要与 LAMMPS 类型一致；可直接编辑 * - **Mass/原子质量** - 可直接编辑，选中行后点击 **Restore** 可还原默认值 * - **Bond Limited/键数限制** - 最大成键数；可直接编辑 行操作按钮 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" * **Add/增加** ：新增一行原子类型 * **Up, Down/（向下，向上）** ：调整原子类型顺序（影响类型映射编号） * **Restore/重置** ：将选中行的质量，键数限制等恢复为默认值 .. note:: ``Type`` 编号必须与 LAMMPS 输入脚本中的原子类型编号保持一致；调整顺序会同步更新类型映射。 分析结果浏览 >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 分析完成后，左侧目录树按结果类别展示节点树，点击节点可在右侧切换对应视图。 Molecules """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" .. list-table:: :widths: 40 60 :header-rows: 1 * - 节点名称 - 内容与操作 * - **Molecular Table/分子表** - 所有时间步识别到的所有分子列表；Full 版本 Bonds 项目中，可通过鼠标右击单元格通过菜单栏以查看详细信息 * - **Total Molecular Counts/分子总数统计** - 整个模拟过程中各分子出现次数的统计摘要 * - **Molecules Count vs Time/分子时间变化** - 分子总数随时间步变化的数据表 * - **Molecules Count Plot/分子数量曲线** - 分子总数随时间的折线图（分析进行中实时绘制） Mass """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" .. list-table:: :widths: 40 60 :header-rows: 1 * - 节点名称 - 内容与操作 * - **Mass Distribution/质量分布** - 气/液/固各相质量随时间步的分布数据表 * - **TG/DTG Curves/TG/DTG曲线** - 热重（TG）与微分热重（DTG）曲线图 Reactions |full_only| """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" .. list-table:: :widths: 40 60 :header-rows: 1 * - 节点名称 - 内容与操作 * - **Reaction Table/反应表** - 所有时间步识别到的所有反应列表；Full 版本 Bonds 项目中，可通过鼠标右击单元格通过菜单栏以查看详细信息 * - **Total Reaction Counts/反应总数统计** - 整个模拟过程中各反应发生次数的统计摘要 * - **Custom Reaction Statistics/自定义反应统计** - 自定义时间步（起始，结束，间隔）的反应数量统计，但只是基于已有分析的数量统一，并不会基于键序文件重新提取反应信息 * - **Reactions Count vs Time/反应时间变化** - 每类反应数量随时间步变化的数据表 * - **Reactions Count Plot/反应数量曲线** - 反应数量随时间的折线图（分析进行中实时绘制） Statistics |full_only| """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" .. list-table:: :widths: 40 60 :header-rows: 1 * - 节点名称 - 内容与操作 * - **Bond Statistics/化学键统计** - 各类化学键的统计信息 * - **Fragment Statistics/分子片段统计** - 各类碎片（分子片段）的统计信息 * - **Functional Groups Statistics/官能团统计** - 各类官能团的统计信息 Visualization |full_only| """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" .. list-table:: :widths: 40 60 :header-rows: 1 * - 节点名称 - 内容与操作 * - **Atom Trace/原子追踪** - 从下拉框选择原子 ID 与起始时间步，点击 **Add** 加入追踪列表；可同时追踪多个原子，在 2D 视图中显示其随时间步所属分子的变化轨迹 * - **Molecule Trace/分子追踪** - 切换时间步后左侧显示该步所有分子及数量；点击某分子式后右侧显示其所有实例；勾选目标实例后在 2D 视图中显示其轨迹 * - **Trajectory View/轨迹可视化** - 显示关联轨迹文件中的分子与盒子信息；仅当创建 Bonds 项目时提供了 Trajectory File 才会出现此节点 数据导出 >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 通过 ``File -> Export`` 导出当前激活视图的内容（视图不支持导出时菜单项自动禁用）。 支持表格导出的节点 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" * Molecular Table * Total Molecular Counts * Molecules Count vs Time * Mass Distribution * Reaction Table |full_only| * Total Reaction Counts |full_only| * Custom Reaction Statistics |full_only| * Reactions Count vs Time |full_only| * Bond Statistics |full_only| * Fragment Statistics |full_only| * Functional Groups Statistics |full_only| 支持图片导出的节点 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" * Molecules Count Plot * TG/DTG Curves * Reactions Count Plot |full_only| .. note:: Atom Trace 与 Molecule Trace 视图当前不支持导出。 导出辅助设置 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 在 ``Settings`` 菜单中可启用： * **Open After Export** ：导出完成后自动在文件管理器中打开目标位置。 * **Dump Readable Results** ：分析完成后同步输出可读结果文件。 多版本项目管理 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" * 使用 ``File -> Open`` 直接打开既有 ``.rma`` 项目，继续浏览与导出，无需重新运行分析。 * 建议按参数版本命名并保存多个 ``.rma``，便于后续参数变更前后的结果对比与追溯。 典型应用场景 >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 以下场景以实际分析工作流为主线，展示如何综合运用多个结果节点。 场景一：燃烧产物演化分析（Species-Based） """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" **目标** ：分析含碳氢氧体系（如甲烷、碳氢化合物）在高温下的燃烧过程，追踪 CO₂、H₂O 等产物的生成趋势。 操作步骤： 1. 创建 Species-Based 项目， **Atomic Symbol** 填写 **C H O** （元素顺序决定分子式书写顺序）。 2. 在 **Optional Settings** 中用 **Timesteps Start/End** 跳过低温平衡阶段，只分析升温后的区间。 3. 分析完成后： * 在 **Molecular Table** 中按出现次数降序排列，快速定位主要产物（如 ``CO2``、``H2O``）。 * 切换到 **Molecules Count vs Time** ，对比反应物（如 ``CH4``）的消耗曲线与产物的生成曲线，判断反应的诱导期和主反应期。 * 切换到 **TG/DTG Curves** ，观察质量损失速率峰值对应的温度范围。 4. 使用 ``File -> Export`` 将 **Molecules Count vs Time** 导出为 CSV，用 Excel / Origin 进一步绘图或与文献对比。 场景二：热解反应机理分析（Bonds-Based，仅 AutoRMA-Full） """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" **目标** ：分析聚合物（如聚乙烯、含能材料）热解过程中的键断裂事件与主要反应路径。 操作步骤： 1. 创建 Bonds-Based 项目，提供 Bonds 文件；若需 Atom Trace / Molecule Trace，同时提供 Trajectory 文件。 2. 点击 **Details** ，在 **Setup Atoms Details** 面板中确认各元素的 **Bond Limited** 值（C: 4，H: 1，O: 2）。 3. 分析完成后： * 在 **Reaction Table** 中按出现次数排序，筛选出发生频率最高的反应，确定主要裂解路径。 * 切换到 **Reactions Count Plot** ，观察不同类型反应随时间步的频率变化，区分点火期与稳定裂解期。 * 切换到 **Bond Statistics** 和 **Fragment Statistics** ，了解各类键和碎片的统计特征。 * 若提供了轨迹文件，切换到 **Atom Trace** ，选择活性原子的 ID，追踪其在不同时间步所属分子的变化。 4. 导出 **Reaction Table** 与 **Reactions Count vs Time** ，整理主要反应路径报告。 Tools 菜单工具 >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 生成 LAMMPS data 文件 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 参考：:ref:`快速开始 — 生成 LAMMPS data 文件 `。 提取 param.qeq 文件 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 参考：:ref:`快速开始 — 生成 param.qeq 文件 `。 元素周期表 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 菜单路径：``Tools -> Elements Periodic Table`` 交互式元素周期表，可浏览各元素属性。在创建项目面板中点击 **Add** 时也会调用此面板，用于辅助填写 ``Atomic Symbol``。 界面高级设置 >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 主题切换 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 菜单路径：``Window -> Style`` * **Light** ：浅色主题 * **Orange** ：橙色主题 * **Dark** ：深色主题 切换立即生效，设置在下次启动时仍然有效。 界面语言切换 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 菜单路径：``Window -> Language`` * **English** * **简体中文** 切换后自动退出，需要重新启动以生效。 激活信息查询 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" 菜单路径：``Help -> Activation Information`` 显示当前机器码、版本及激活状态，用于排查许可证相关问题。 .. |full_only| replace:: *(仅 AutoRMA-Full Bonds 项目)*